Fenix 3 HR与Fenix 3的主要区别就在于集成了Elevate光学心率计，功能上增加了直测光学心率功能，无需心率带就能实现7x24小时心率监测以及运动中实时心率记录。搭配HRM-RUN心率带的话还可以实现第二代动态数据监测，其中包括步幅，垂直步幅比和双脚触地平衡三个全新参数。此外还能给出乳酸阈值和基于HRV心率变异性而估算的紧张指数等指标。在运动项目上则增加了桨板冲浪（SUP）和高尔夫，覆盖运动项目更加全面。在智能性方面也有提升，比如新的小插件可以在主屏上显示最近一次运动记录，无需深入层层目录进行查看。而且勿扰模式的加入也能让用户从频繁的消息推送中暂时解脱出来。

由于本款内置了光学心率计，所以对续航有着不小的影响，在UltraTrac模式下续航从50小时降为40小时，GPS模式下从20小时降为16小时，手表模式下从6周降为3周，开启推送的话续航就只有2周了。如果介意续航的话可以在设置中将心率计关闭。